Brak informacji o poprzedniej stronie.

↰ powrót do programu studiów

Sylabusy w bazie:

Analiza filogenetyczna obowiązkowy| - Biologia - ogólnoakademicki - II stopień - I - | - Biologia - praktyczny - II stopień - I - |2850000-00-00 6
Analiza filogenetyczna obowiązkowy| - Biologia - ogólnoakademicki - II stopień - I - |2950000-00-00 6
Analiza filogenetyczna obowiązkowy| - Bioinformatyka - ogólnoakademicki - II stopień - I - |2960000-00-00 6
Analiza filogenetyczna [2020] obowiązkowy| - Biologia - ogólnoakademicki - II stopień - I - | - Biologia - praktyczny - II stopień - I - |19642021-01-30 6
Analiza filogenetyczna [2021_2] obowiązkowy| - Biologia - praktyczny - II stopień - I - |22372021-04-23 6
Analiza filogenetyczna obowiązkowy| - Bioinformatyka UAM - ogólnoakademicki - II stopień - I - |23342021-05-04 6

wybrano: 2334


Analiza filogenetyczna

Sylabus zajęć

Informacje podstawowe

Kierunek studiów
Nauczanie biologii i przyrody
Specjalność
-
Jednostka organizacyjna
Wydział Biologii
Poziom studiów
Studia drugiego stopnia
Forma studiów
Studia stacjonarne
Profil studiów
Profil ogólnoakademicki
Cykl dydaktyczny
2021-2024
Języki wykładowe
Polski
Obligatoryjność
Obowiązkowy
Blok zajęciowy
Przedmioty nieprzypisane
Koordynator zajęć
prof. dr hab. Jacek Dabert, dabert@amu.edu.pl
Prowadzący zajęcia
prof. dr hab. Jacek Dabert, dabert@amu.edu.pl, dr Eliza Głowska, glowska@amu.edu.pl
Okres
Semestr 1
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
  • Wykład: 15, Ćwiczenia/laboratoria: 15, Egzamin
Liczba punktów ECTS
3.0

Cele kształcenia dla zajęć

C1. Zapoznanie studentów z podstawami teorii analizy filogenetycznej oraz praktyczne zaprezentowanie procedur stosowanych w rekonstrukcji powiązań filogenetycznych pomiędzy organizmami. C2. Zaprezentowanie poszczególnych etapów komputerowej analizy filogenetycznej z zastosowaniem różnych algorytmów i odmiennych rodzajów danych. C3. Zapoznanie z procedurami statystycznego testowania drzew filogenetycznych. C4. Analizowanie współbieżnych zjawisk kofilogenetycznych w układzie gospodarz-symbiot (mutualizm, pasożytnictwo) na podstawie konstruowania drzew genowych i statystycznej analizy kofilogenetycznej. C5. Wykrywanie szumu filogenetycznego (alternatywnego sygnału filogenetycznego). C6. Datowanie molekularne przebiegu filogenezy.

Wymagania wstępne

Znajomość podstaw ewolucji bioróżnorodności, biologii ewolucyjnej i statystyki.

Efekty uczenia się dla zajęć

Symbol EU dla zajęć/przedmiotuPo zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka:Symbole EK dla kierunku studiów
Efekt_01potrafi zastosować specjalistyczną terminologię używaną w rekonstrukcji filogenezy
Efekt_02umie przygotować matrycę danych do analizy filogenetycznej przy zastosowaniu różnych formatów dla danych morfologicznych, molekularnych i kombinowanych
Efekt_03potrafi zrekonstruować drzewo filogenetyczne przy pomocy różnych podejść metodologicznych, rozumiejąc zasady działania poszczególnych metod filogenetycznych i znając ich możliwości i ograniczenia
Efekt_04umie przeprowadzić i zinterpretować testy statystyczne stabilności drzewa filogenetycznego
Efekt_05potrafi analizować metodami kofilogenetycznymi i interpretować historię powstania interakcji pomiędzy obiektami biologicznymi
Efekt_06potrafi wykryć fałszywy sygnał filogenetyczny w analizowanych danych i oszacować jego wpływ na rezulaty
Efekt_07umie przeprowadzić datowaną analizę filogenetyczną posługując się danymi molekularnymi i kalibracją za pomocą danych fosylnych

Treści programowe

Lp. Treści programowe dla zajęć/przedmiotu Symbol EU dla zajęć/przedmiotu
1.

Specjalistyczne terminy stosowane w rekonstrukcji filogenezy, w tym: terminologia dotycząca cech (typy homologii i homoplazji, argumentacja cech, cechy informatywne i nieinformatywne, ważenie cech), drzewa filogenetyczne (terminologia, rodzaje drzew, sposoby graficznej prezentacji), taksony naturalne i sztuczne.

Efekt_01
2.

Przygotowanie matrycy danych: rodzaje cech, matryce danych, formaty matryc danych, w tym NEXUS.

Efekt_01, Efekt_02
3.

Konstruowanie drzew filogenetycznych: koncepcja zegara molekularnego w filogenetyce, UPGMA, Neighbor-Joining, Maksymalna Parsymonia, Maximum Likelihood, Wnioskowanie Bayesowskie, procedury przyśpieszające obliczenia (heurystyczna, branch-and-bound), drzewa konsensusowe.

Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03
4.

Analiza statystyczna zrekonstruowanego drzewa: podstawowe parametry statystyczne drzew, metody próbkowania (jacknife i bootstrap), indeks Bremera.

Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04
5.

Analiza kofilogenetyczna: podstawowe zjawiska kofilogenetyczne, procedura BPA (Brooks Parsimony Analysis) i drzewa uzgodnione (TreeMap, Jungle), statystyczna analiza rezultatów.

Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_05
6.

Źródła szumu filogenetycznego, metody jego wykrywania i unikania (Densitree, SplitTree)

Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_06
7.

Rekonstrukcja chronogramu za pomocą metod wygładzania i metod bayesowskich, kalibrowanie drzewa zultrametryzowanego punktami kalibracyjnymi (fosylia)

Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_07

Informacje dodatkowe

Metody i formy prowadzenia zajęć
Wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień
Wykład problemowy
Rozwiązywanie zadań (np.: obliczeniowych, artystycznych, praktycznych)
Metoda ćwiczeniowa
Metoda warsztatowa
Sposoby ocenianiaSymbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu
EK_1EK_2EK_3EK_4EK_5EK_6EK_7
Egzamin pisemnyxxxxxxx
Egzamin ustnyxxxxxxx
Kolokwium pisemnexxxxxxx
Testxxxxxxx
Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM
bardzo dobry (bdb; 5,0): znakomita wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne
dobry plus (+db; 4,5): bardzo dobra wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne
dobry (db; 4,0): dobra wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne
dostateczny plus (+dst; 3,5): zadawalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne, ale ze znacznymi niedociągnięciami
dostateczny (dst; 3,0): zadawalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne z licznymi błędami
niedostateczny (ndst; 2,0): niezadowalająca wiedza, umiejętności i kompetencje personalne i społeczne

Literatura

Wydawnictwa książkowe

    1. Barry Hall: Łatwe drzewa filogenetyczne, WUW, Warszawa, 2008
    2. Diana Lipscomb: Basics of Cladistic Analysis, George Washington University, Washington D.C., 1998
    3. Joseph Felsenstein: Inferring phylogenies, Sinauer Associates, Sunderland, Sinauer Ass., 2004
    4. Reece i in.: Biologia Campbella, Rebis Pearson, Poznań, 2016

Nakład pracy studenta i punkty ECTS

Forma aktywności Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności
Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem60
Praca własna studenta:
Przygotowanie do zajęć25
Czytanie wskazanej literatury15
Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp.
Przygotowanie projektu
Przygotowanie pracy semestralnej
Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia30
SUMA GODZIN130
LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU5

* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut